โรง เรียนอาเวมารีอา เป็นโรงเรียนคาทอลิกสังกัดคณะซิสเตอร์รักกางเขนอุบลราชธานี บริหารงานโดยซิสเตอร์รักกางเขนแห่งอุบลราชธานี ตั้งอยู่เลขที่ 512 ถนนพรหมราช ต.ในเมือง อ.เมือง จ.อุบลราชธานี จัดเป็นโรงเรียนขนาดใหญ่ มีเนื้อที่ทั้งหมด 5 ไร่ 3 งาน ท่ามกลางชุมชนเมือง สะดวกในการสัญจรไปมา ปัจจุบันเปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย
ใน ระหว่างปี พ.ศ. 2426 บาทหลวงกองสตังต์ ยัง บัปติสโปรโดม และบาทหลวงฟรังซิส มารี ซาเวียร์ เกโก ผู้เผยแพร่ ่ศาสนาคริสต์ ในเขตภาคอีสานและประเทศลาว ได้เข้าพบท่านข้าหลวงประจำจังหวัดอุบลราชธานีขออนุญาตให้ใช้สถานที่ส่วน หนึ่งในบริเวณจวนข้าหลวงเป็นที่พักและที่ทำการ ต่อมาเห็นว่าที่เดิมไม่สะดวกนัก ท่านข้าหลวงจึงได้พระราชทานที่ดินบริเวณบุ่งกาแซวให้ เพื่อสร้างเป็นบ้านพักเด็กกำพร้าและเป็นที่สอนหนังสือให้เด็กกำพร้าประมาณ20 คนให้อ่านออกเขียนได้
ต่อ มาปี พ.ศ. 2488 ฯพณฯ เกลาดิอุสบาเยมุขนายกมิสซังอุบลราชธานีได้ประชุมคณะที่ปรึกษาของมิสซังเพื่อ วางนโยบายเกี่ยวกับการดำเนินงานมิสซังคณะที่ประชุมจึงมีมติเป็นเอกฉันท์ว่า ควรเปิดโรงเรียนสักแห่งเพื่อสอนหนังสือและอบรมกุลบุตรกุลธิดาให้เขาพัฒนา เจริญก้าวหน้า คือจุดเริ่มต้นของการก่อตั้งโรงเรียนอาเวมารีอา
มี ส่วนสำคัญในการจัดตั้งโรงเรียน คือ บาทหลวงศรีนวล ศรีวรกุล ผู้ช่วยผู้ปกครองมิสซังและที่ปรึกษาที่ 1 และซิสเตอร์เทแรซ ฟรังซัวส์ วิเชียร วงศ์พิมพ์ ซึ่งเป็นภคิณีคณะรักกางเขนแห่งอุบลฯซึ่งขณะนั้นเป็นผู้รับผิดชอบงานด้านการ ศึกษาของคณะได้เป็นผู้ดำเนินการด้านเอกสารเพื่อขอจัดตั้งโรงเรียน ในที่สุด โรงเรียนอาเวมารีอาได้รับอนุญาตอย่าง เป็นทางการเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2490 โดยมีบาทหลวงคำจวน ศรีวรกุลเป็นเจ้าของและผู้จัดการ ซิสเตอร์แทแรซ ฟรังซัวส์วิเชียร วงศ์พิมพ์ เป็นครูใหญ่
วันที่ 30 พฤษภาคม 2492 ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนชั้นมูลถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียน 165 คน
วัน ที่ 20 มกราคม 2496 บาทหลวงคำจวน ศรีวรกุล ย้ายไปประจำที่มิสซังท่าแร่ จังหวัดสกลนคร ซิสเตอร์เทแรซ ฟรังซัวส์ วิเชียรวงศ์พิมพ์ ได้รับตำแหน่งผุ้จัดการและครูใหญ่ โดยมีซิสเตอร์โซลังย์ อักษรไข่ เป็นเจ้าของโรงเรียน
พ. ศ. 2502 โรงเรียนได้ขอเปิดชั้นเรียนมัธยมศึกษา 4-5 แผนกศิลป์จนถึงพ.ศ.2524จึงได้ยุบชั้นเรียนเปิดสอนเพียงชั้นอนุบาลถึงมัธยม ศึกษาปีที่ 3
พ. ศ. 2503 ได้รับการรับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาลจากกระทรวงศึกษาธิการวันที่ 27 มิถุนายน 2511 ซิสเตอร์เทแรซ ฟรังซัวส์ วิเชียร วงศ์พิมพ์ ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่ ซิสเตอร์ฟีโลแมนน์ ประเทือง ภาษี ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้จัดการและครูใหญ่แทน
วัน 31 มีนาคม 2516 ซิสเตอร์ประเทือง ภาษี ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่เบเนดิกตาสุดใจ ศรีสมบุญ รับตำแหน่งผู้จัดการ ซิสเตอร์ลูเซียนประเสริฐ ว่องไว รับตำแหน่งครูใหญ่แทน เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2516
วัน ที่ 20 มกราคม 2496 บาทหลวงคำจวน ศรีวรกุล ย้ายไปประจำที่มิสซังท่าแร่ จังหวัดสกลนคร ซิสเตอร์เทแรซ ฟรังซัวส์ วิเชียรวงศ์พิมพ์ ได้รับตำแหน่งผุ้จัดการและครูใหญ่ โดยมีซิสเตอร์โซลังย์ อักษรไข่ เป็นเจ้าขอโรงเรียน
พ.ศ. 2502 โรงเรียนได้ขอเปิดชั้นเรียนมัธยมศึกษา 4-5 แผนกศิลป์จนถึงพ.ศ.2524จึงได้ยุบชั้นเรียนเปิดสอนเพียงชั้นอนุบาลถึงมัธยมศึกษาปีที่ 3
พ.ศ. 2503 ได้รับการรับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาลจากกระทรวงศึกษาธิการ
วัน ที่ 27 มิถุนายน 2511 ซิสเตอร์เทแรซ ฟรังซัวส์ วิเชียร วงศ์พิมพ์ ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่ ซิสเตอร์ฟีโลแมนน์ ประเทือง ภาษี ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้จัดการและครูใหญ่แทน
วัน 31 มีนาคม 2516 ซิสเตอร์ประเทือง ภาษี ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่เบเนดิกตาสุดใจ ศรีสมบุญ รับตำแหน่งผู้จัดการ ซิสเตอร์ลูเซียนประเสริฐ ว่องไว รับตำแหน่งครูใหญ่แทน เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2516
พ.ศ. 2522 ซิสเตอร์ลูเซียน ประเสริฐ ว่องไว ลาออกจากตำแหน่งครูใหญ่ ซิสเตอร์เฮลานาบุญทัน อินทนงค์ รับหน้าที่ครูใหญ่แทน
พ. ศ. 2523 ซิสเตอร์บุญล้อม ปั้นทอง ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการ ซิสเตอร์บุญทัน อินทนงค์ดำรงตำแหน่งผู้จัดการแทนซิสเตอร์ โฮโนริน บวร จำปารัตน์ เข้าดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน
วัน ที่ 24 กุมภาพันธ์ 2529 ซิสเตอร์บวร จำปารัตน์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนพระกุมารร้อยเอ็ดซิสเตอร์อรนุช หอมจันทร์ เข้ารับตำแหน่งครูใหญ่แทน
วัน ที่ 6 พฤษภาคม 2529 ซิสเตอร์โซลังย์ อักไข่ษร เจ้าของโรงเรียนได้ถึงแก่กรรม ซิสเตอร์บุญทัน อินทนงค์ ได้รับมอบหมายให้เป็นผู้ลงนามแทน จนกระทั่นซิสเตอร์มารีย์ซาเวียทิพากร บุญประสม เข้ารับตำแหน่งเจ้าของโรงเรียนเมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม 2530
วัน 31 สิงหาคม 2532 ซิสเตอร์บุญทัน อินทนงค์ ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการ ซิสเตอร์โฮโนรินบวร จำปารัตน์ รับตำแหน่งผู้จัดการ
พ.ศ. 2536 ซิสเตอร์อรนุช หอมจันทร์ ไปศึกษาต่อต่างประเทศ ซิสเตอร์โฮโนรินบวร จำปารัตน์ เข้ารับตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่
วัน 16 พฤษภาคม 2540 ซิสเตอร์โฮโนรินบวร จำปารัตน์ ไปศึกษาต่อต่างประเทศซิสเตอร์กัลยา หยาดทองคำได้รับตำแหน่งเป็นผู้จัดการและครูใหญ่ จนถึงปัจจุบัน
ตั้งแต่อดีตจนถึงบัดนี้ ถ้าจะนับกันตามการอนุญาตการจัดตั้งโรงเรียนก็นับได้ว่าโรงเรียนมีอายุครบ 50 ปีหากจะดูกันที่กำเนิดโรงเรียนจริง ๆ ก็นานกว่านั้น ตลอด 50 ปีที่ผ่านมาโรงเรียนอาเวมารีอาได้พัฒนาก้าวหน้ามาเป็นลำดับ ได้รับ ความไว้วางใจจากผู้ปกครองมาโดยตลอดทั้งนี้เพราะความร่วมแรงร่วมใจกันระหว่าง คณะผู้บริหาร คณะครูและผู้ปกครองนักเรียนตลอดจนการสนับสนุนจากชุมชนรอบโรงเรียน ได้สร้างเยาวชนของชาติให้เป็นผู้มีความรู้ความ สามารถ เพื่อเป็นกำลังสำคัญของชาติมาหลายรุ่น